L’acquario disporrà di uno o più laboratori, in cui i ricercatori del LOSEM (Laboratorio di Oceanologia Sperimentale ed Ecologia Marina del Dipartimento di Scienze Ecologiche e Biologiche dell’Università degli Studi “La Tuscia”), e i ricercatori di altri istituti Universitari nazionali ed internazionali,  potranno sviluppare  i propri progetti di ricerca e didattica finalizzati alla preservazione delle specie a rischio d’estinzione e degli habitat minacciati dalle attività antropiche.

Verrà realizzato all’interno dell’acquario un centro di primo soccorso e il primo centro regionale di lungodegenza per le tartarughe marine. Le tartarughe marine sono specie protette a livello internazionale ed il Ministero dell'Ambiente e della Tutela del Territorio e del Mare sta mettendo in atto una serie di misure a livello nazionale per la salvaguardia di questi rettili. Dal 2007 sono stati coinvolti tutti i soggetti interessati alla conservazione di queste specie (Regioni, Enti di ricerca, Aree Protette, Capitanerie di Porto, Corpo Forestale) al fine di individuare una strategia unitaria e condivisa. L'obiettivo finale è la realizzazione di un Piano Nazionale per la conservazione delle tre specie di tartarughe marine presenti nei nostri mari.

Altra importante tematica considerata sarà quella relativa ai cambiamenti climatici ed in particolare all'introduzione di specie lessepsiane nel Mar Mediterraneo ed agli effetti dell'acidificazione dei mari e degli oceani. Questo perchè negli ultimi anni la biodiversità marina del Mar Mediterraneo ha subito una rapida alterazione dovuta al crescente aumento di specie marine tropicali provenienti dal Mar Rosso. Questo scenario di migrazioni è favorito da un trend generale di riscaldamento del Mediterraneo che consente a specie termofile lessepsiane di trovare un habitat favorevole e quindi di insediarsi stabilmente a scapito delle specie endemiche mediterranee. Di grande interesse risulta, pertanto, lo studio degli effetti della tropicalizzazione del Mediterraneo sulla biodiversità marina attraverso il monitoraggio delle specie aliene target sia bentoniche che pelagiche in relazione alle serie temporali di temperatura e salinità delle acque mediterranee.

Per quanto attiene l'acidificazione degli oceani: l'aumento delle emissioni di anidride carbonica in atmosfera ha comportato generale abbassamento del pH degli oceani. Questo processo può portare a drastiche conseguenze negli ecosistemi marini come la maggiore suscettibilità delle strutture carbonatiche di molti coralli e di diversi organismi planctonici con effetti che si possono propagare sulla catena trofica di cui sono parte. Verranno quindi effettuati degli esperimenti in ambienti confinati per studiare i possibili effetti dell'aumento della concentrazione di CO2 su organismi planctonici e bentonici.

Infine saranno sviluppati progetti finalizzati allo studio ed alla conservazione di specie di rilevanza ecologica del Mediterraneo e dei mari confinanti. In Mediterraneo e nei mari confinanti infatti sono numerose le specie che hanno un'elevata rilevanza ecologica. I progetti proposti dall''Acquario verteranno sullo studio, la protezione e la conservazione di importanti specie (come la Pinna nobilis) ed ecosistemi (come le praterie a Posidonia oceanica), che sono di fondamentale importanza per il mantenimento della biodiversità e della ricchezza dell'ambiente marino.

Attenzione particolare sarà rivolta ai giovani visitatori e agli studenti,  che saranno i futuri attori nei programmi di conservazione ex situ promossi dall’acquario.